En 1991, deux ans après les événements du film SOS Fantômes 2, New York est encore chamboulé par des phénomènes paranormaux. En effet, le musée qui a récemment accueilli des pièces gozériennes, est touché par un champ d'énergie psychique affectant toute la ville alors qu'un garde de nuit tentait d'interpeller une jeune femme courant dans le bâtiment alors qu'un fantôme prend par surprise le garde.