En un futuro lejano, la humanidad ha sido expulsada de la Tierra por máquinas invasoras enviadas por una raza alienígena. Refugiados en la Luna, los humanos crean una fuerza de combate androide llamada YoRHa para recuperar su planeta. Entre ellos están 2B, una soldado de élite, y 9S, un androide de reconocimiento. Ambos se enfrentan a las máquinas en una guerra aparentemente sin fin, pero a medida que avanzan en su misión, comienzan a descubrir secretos ocultos sobre el conflicto, sus propios orígenes y el verdadero propósito de su existencia. Con una mezcla de acción, filosofía y emociones profundas, NieR:Automata Ver1.1a explora qué significa ser humano en un mundo dominado por inteligencias artificiales.